Trotz großer Errungenschaften bei der Verbesserung der Wasserqualität gegen Ende des letzten Jahrhunderts bleibt die Bedrohung des Flussgebietslebensraums weiterhin bestehen. Eine noch zu bewältigende Kernaufgabe des Flussgebietsmanagements ist es, die ökologische Durchgängigkeit der Flusssysteme wiederherzustellen. In vielen Ländern ist die Wasserkraftnutzung weiterhin einer der großen ungelösten Konflikte im Natur- und Umweltschutz. Ihre Förderung untergräbt Zielstellungen der Wasserrahmenrichtlinie und des Artenschutzes – zu beobachten selbst in Gewässern, die Teil von Durchgängigkeitskonzepten oder Wiederansiedlungsprogrammen für Wanderfische sind. Lebendige Flüsse sind auf die Energie angewiesen, die ihnen die Wasserkraft entzieht.
Die Broschüre "Wanderfische willkommen – Ökologische Durchgängigkeit und Erhalt frei fließender Flüsse im Flussgebietsmanagement" kann heruntergeladen oder im Shop der GRÜNEN LIGA bestellt werden.